Il nous faut maintenant voir saint Basile dans l'exercice de sa charge épiscopale et dans l'administration intérieure de son Église.
On se souvient que la confiance de son prédécesseur l'avait chargé, simple prêtre, de réformes à faire dans la liturgie comme dans la discipline. Basile, en prenant possession du siège de Césarée, trouvait donc accomplie déjà une partie de son œuvre.

 Aussi ne remarquons-nous pas que, dans la suite, il ait eu beaucoup à innover. Son clergé, pris en masse, paraît avoir été exemplaire. L'évêque d'une grande ville, voulant se choisir un successeur, ne trouve rien de mieux que de s'adresser à Basile et de lui demander un de ses prêtres; Basile n'a pas à chercher longtemps pour désigner, dans le corps sacerdotal de Césarée, un homme de mœurs graves, savant en droit canonique, d'une foi non moins éclairée que solide, d'une austérité presque excessive, pauvre par choix et par vertu. Cet amour de la pauvreté lui est commun avec ses confrères. Malgré les lois qui permettaient alors aux clercs de faire le commerce, et leur accordaient même dans ce cas (au moins jusqu'au règne de Valentinien et de Valens) l'exemption de la patente, les prêtres soumis à la juridiction de Basile s'en abstiennent généralement. Sans traitement, sans revenus, quelquefois plusieurs ensemble, ils vivent, a l'exemple de saint Paul, du travail de leurs mains. Ils s'adonnent de préférence à des métiers sédentaires, qui ne les obligent pas à de fréquentes absences et n'entravent pas le ministère paroissial. Lors de la persécution de Julien, on n'a signale aucune apostasie dans le cierge de Césarée : un de ses membres a même eu la gloire d'être torturé sous les yeux de l'empereur : sans en prendre de l'orgueil, le confesseur de la foi gagne sa vie au métier de copiste, et trouve encore le moyen de prélever sur ses modestes gains de quoi faire l'aumône. Basile entoure de respect et d'affection ce vétéran du sacerdoce. Le seul privilège temporel qu'il réclame pour ses prêtres, comme pour ses moines, c'est l'exemption d'impôts. On a de lui, sur ce sujet, une lettre au préfet du prétoire Modestus. Peut-être s'étonnera-t-on du langage confiant de cette lettre, adressée à l'arrogant magistrat dont nous avons rapporté le dialogue avec Basile. Mais Grégoire de Nazianze raconte qu'a la fin du séjour de Valens à Césarée, Modestus, tombé gravement malade, avait eu recours aux prières de Basile, et leur attribuait sa guérison. Des rapports affectueux s'étaient dès lors établis entre le fonctionnaire reconnaissant et l'évêque, toujours prêt à oublier les injures reçues. Basile en profita pour intercéder en faveur des ministres de son Eglise, que des répartiteurs trop zèles avaient inscrits parmi les contribuables : ce qu'il demande, ce n'est pas la radiation individuelle de chacun d'eux, mais la faculté pour l'évêque d'exonérer ceux qui ne peuvent payer, non une faveur passagère, mais la reconnaissance d'un principe. La même immunité doit être accordée aux moines qui « vivent conformément à leur profession, n'ont ni argent ni corps; leur argent, ils le distribuent aux pauvres; leur corps, ils l'exténuent de jeûnes et de prières; et ils travaillent au bien public, puisque leur manière de vivre apaise la colère de Dieu. »